İşte Mehmet Büyükekşi döneminde yaşanan sayısız skandallardan birkaçı:
Tuzlaspor'da Başkan Mehmet Berzan İlhanlı hakkında "kara para aklama" ve "yasa dışı bahis" iddialarına ilişkin soruşturma başlatıldı. 30 Nisan 2024 tarihinde ise Tuzlaspor Kulübü Başkanı Mehmet Berzan İlhanlı’ya yönelik yürütülen yasa dışı bahis soruşturması kapsamında 2020-2021 yıllarında Tuzlaspor’da oynayan 5 futbolcu tanık olarak ifadeye çağırıldı.
11 Aralık 2023 tarihinde oynanan Ankaragücü-Çaykur Rizespor maçının bitiş düdüğünün ardından sahaya giren Ankaragücü'nün o dönemki başkanı Faruk Koca, hakem Halil Umut Meler'e yumruk attı. Koca'nın yumruğuyla yere düşen Meler'e, yerde de tekmeli saldırıda bulunuldu.
Meler'in saldırıya uğramasından 1 hafta sonra ise bu kez İstanbulspor-Trabzonspor maçında kriz yaşandı. Trabzonspor'u 2-1 öne geçiren golden önce, faul iddiasında bulunan İstanbulspor Başkanı Ecmel Faik Sarıalioğlu, hakemin kararına tepki göstererek futbolcularını sahadan çekti.
TFF, Süper Lig'in 2022-23 sezonu şampiyonu Galatasaray ve Türkiye Kupası şampiyonu Fenerbahçe arasındaki Süper Kupa maçını Suudi Arabistan'da oynatma kararı aldı.
30 Aralık 2023 tarihinde oynanması planlanan mücadele, maç günü Riyad'da iki takımın Atatürk görseli bulunan tişörtler ve pankartlarla sahaya çıkılmasına izin verilmemesi sebebiyle oynanamadı.
Fenerbahçe'nin deplasmanda Trabzonspor'u 3-2 mağlup ettiği maç sonrası bordo-mavili taraftarlar sahaya girerek Fenerbahçeli futbolculara saldırmaya çalıştı. Olayların ardından birçok taraftar gözaltına alındı.
30 Aralık 2023'te Riyad'da oynanamayan Galatasaray-Fenerbahçe Süper Kupa maçı Şanlıurfa'ya alınırken, mücadeleye A takım futbolcularını götürmeyen Fenerbahçe, U19 takımıyla maça çıkma kararı aldı. 1. dakikada Icardi'nin golüyle 1-0 yenik duruma düşen Fenerbahçe, golün santrasını yapmadı ve sahadan çekildi.