Osmanlı İmparatorluğu'nun Bosna'yı fethi sonrasında Saraybosna'da yapılan ilk cami olarak bilinen, şehirdeki onlarca Osmanlı eserinden ve aslı 1457'de Saraybosna'nın kurucusu İshakoğlu İsa Bey tarafından inşa ettirilen Hünkar Camisi, Sırp despot Vuk Grgurevic Brankovic'in yağmalaması sonucu 1480'de çıkan yangında büyük hasar gördü.
Bugünkü halini 1566'da Kanuni Sultan Süleyman'ın finanse etmesiyle alan, Saraybosna'yı neredeyse ikiye ayıran Miljacka Nehri'nin üst tarafında kalan ve yeşille krem renklerinin ahenkle bir araya geldiği cami, ihtişamıyla asırlardır tarihe ışık tutuyor.