Teşhis ve tedavide devrim umudu

BGI Genomics Akıllı Tıbbi Araştırma Enstitüsü, İsveç Uppsala Üniversitesi işbirliğiyle yapılan bir araştırmada, kolorektal kanserde (KRK) mutasyona uğramış 33 yeni sürücü (driver) gen tanımlandı. Çalışmada, hastaların %94'ünin beş yıllık klinik takibi tamamlandı.

Analiz sonucunda, 9’u daha önce KRK'de bilinmeyen, 24'ü de herhangi bir kanser türü için yeni olan 96 mutasyona uğramış sürücü gen tespit edildi. Bulgular Nature dergisinde "Kolorektal kanserlerde prognostik genom ve transkriptom imzaları" başlığıyla yayımlandı.

MUTASYON SÜREÇLERİ İNCELENDİ

Araştırmacılar, kolorektal kanserin, temel kanser yolaklarındaki sürücü genleri etkileyen bir dizi somatik genomik değişiklikten kaynaklandığını vurguladı. Araştırmacılar, kansere neden olan somatik mutasyonların fonksiyonel ve prognostik etkisini anlamak için, uzun süreli takip ile popülasyona dayalı bir kohortta 1.063 primer kolorektal kanserin tüm genomlarını ve transkriptomlarını analiz ettiler.

Mutasyona uğramış 96 sürücü genden 9'unun daha önce kolorektal kanserle ilişkili olmadığı, 24'ünün ise herhangi bir kanserle bağlantılı olmadığı belirlendi. İki farklı yolakda ortak mutasyon paternleri gözlemlendi, zamanlama analizleri 9 erken ve 3 geç sürücü gen mutasyonunu tanımladı.

Böylece kolorektal kansere özgü mutasyon süreçlerinin çeşitli imzaları ve kolorektal kansere özgü çeşitli özgün mutasyon paternleri tanımlandı.

SONRAKİ EVRELERDE DURUM

Belirli yolaklardaki mutasyonlar (WNT, EGFR, TGFβ), bir mitokondriyal gen (CYB), üç düzenleyici element, 21 kopya sayısı varyasyonu (belirli bir genin kopya sayısındaki değişiklikler) ve özgün bir mutasyon imzası (COSMIC SBS44) hastanın hayatta kalma oranlarıyla bağlantılı olarak bulundu.

Araştırmacılar, bu bulgulara dayanarak kolorektal kanseri moleküler olarak sınıflandırmak için yeni bir strateji geliştirdiler. Mutasyona uğramış genleri gen ekspresyon seviyeleriyle birleştiren entegre bir analiz yoluyla, her biri benzersiz moleküler özelliklere sahip 5 farklı KRK prognostik alt tipi tanımladılar. Bu yeni sınıflandırma sistemi, KRK'in teşhis ve tedavi yönteminde devrim yaratabilir.

Zamanlama analizi yoluyla çalışma, APC, TP53, KRAS, BRAF, ZFP36L2, TCF7L2, FBXW7, BCL9L ve SOX9 gibi genlerde özgün genetik değişikliklerin kanserin ilerlemesinde erken ortaya çıkma eğiliminde olduğunu ortaya çıkardı. Bu arada, özellikle TRPS1, GNAS ve CEP170'deki diğer mutasyonları kanser gelişiminin sonraki evrelerinde görüldü.

HASTALIĞI İLERLETEN OYUNCULAR

Araştırma, tümör istilası ve metastazla bağlantılı kritik moleküler değişiklikleri tanımlamanın ötesinde, mitokondriyal genomdaki ve kodlanmayan bölgelerdeki hastalıkla ilişkili mutasyonları ortaya çıkardı ve hastalığın ilerlemesinde önemli rol oynayan mutasyonların kapsamlı bir özetini sundu.
Mutasyonların ve ekspresyon alt tiplerinin keşfi, bireyselleştirilmiş kolorektal kanser tedavisine yönelik gelecekteki çabalara yol gösterebilir.

Orijinal makale erişim sayfası: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07769-3